En France métropolitaine on estime le nombre de plantes supérieures indigènes à environ 4900. La flore du Parc naturel régional de la Brenne compte 1599 espèces (dont 300 plantes inférieures). Elles s’individualisent en : 26 protégées en France ; 97 protégées en région Centre ; 227 d’Intérêt Patrimonial Local.
En 2004, le nombre de stations de plantes remarquables recensé sur le Parc était de 5523. À noter la présence de 46 espèces d'orchidées.
Étangs
L’originalité de la flore remarquable de la Brenne est fortement liée aux différentes zones humides que l’on y rencontre, tout particulièrement les étangs et les mares. Près d’un quart de la flore remarquable inventoriée est ainsi liée aux plans d’eau.
La végétation des étangs se caractérise par des ceintures successives du centre de l'étang vers sa périphérie, des végétations aquatiques flottantes (nénuphar, potamots, renouée) ou herbiers immergés, aux zones d'hélophytes (phragmitaie, typhaie, scirpaie, cariçaie, etc.).
De nombreuses espèces remarquables se développent en eau libre comme le Limanthème faux-nénuphar, voir même en conditions de moindre profondeur : la Caldésie à feuilles de Parnassie, le Flûteau nageant...
Le marnage naturel annuel est important pour la flore des étangs. Plantes annuelles (petits souchets, Flûteau rampant, Scirpe épingle…) et vivaces (Littorelle à une fleur, Isoète à feuilles ténues…) se partagent le terrain soumis au balancement des eaux… Les assecs annuels autorisent le développement des bidents, renouées, oseilles, chénopodes… Sur les plages de sable sèches, le Trèfle des champs, le Lotier corniculé… forment des ceintures colorées.
Landes
Des landes à Callune, Ajonc d'Europe et Genêt à balais s'étendent sur les terres pauvres, accompagnées parfois du Prunellier, de l'Aubépine épineuse.
On distingue particulièrement :
- la lande humide : rare et diffuse, localisée aux endroits détrempés, caractérisée par la Bruyère à quatre angles, la Gentiane des marais, et pouvant héberger des microtourbières à Droséra à feuilles rondes ou encore la Grassette du Portugal.
- la brande : caractéristique du paysage, cette lande comprend la Brande (Bruyère à balais) et l’Ajonc d’Europe entre autres espèces,
- la lande sèche à Bruyère cendrée, avec parfois le Glaïeul d'Illyrie, l’Hélianthème en ombelles, la Sabline des montagnes ou la Linaire de Pélissier.
Pelouses sur calcaires
Situées sur les coteaux des vallées, elles abritent de nombreuses espèces adaptées comme l'Astragale à feuilles de Glycine. Les Orchidées exigeantes en chaleur et en milieu calcaire trouvent une place de choix sur ces pelouses avec plus de vingt espèces dont certaines protégées au niveau régional ; de plus, de nombreuses espèces végétales y sont en limite nord de répartition (Trèfle strié, Érable de Montpellier, Amélanchier, Campanule érine...). Au final, on ne dénombre pas moins de 350 espèces végétales liées aux pelouses et lisières calcicoles !
Se développer sur un milieu si difficile nécessite de s'adapter : on trouve ainsi de petits arbres nains comme l'Hélianthème couché et la Germandrée des montagnes, des plantes grasses comme certains orpins...
De telles plantes spécialisées ne se rencontrent que dans ce type de milieu !
Marais sur calcaire
La Brenne ne compte plus que quelques marais de surface conséquente, dont les très remarquables marais calcaires à Marisque situés au nord du Parc.
Dans les trouées du Choin et du Marisque, une flore originale s'offre aux regards : Parnassie des marais, Épipactis des marais, Orchis des marais et la fameuse Orchis de Brenne.
Prairie
En fonction des caractéristiques du sol, trois grands types de prairie se rencontrent en Brenne :
la prairie humide à Jonc acutiflore accompagné généralement de l’Ecuelle d’eau, du Carum verticillé, de la Scorzonère des prés, du Cirse tubéreux…, qui héberge fréquemment de petites zones tourbeuses,
la prairie mésophile (où le gradient d'humidité-sécheresse des sols est moyen), est dominée par la Flouve odorante, la Houlque laineuse... Elle a souvent colonisé d’anciens labours en planches,
les prairies maigres à Sérapias langue se rencontrent parfois en mélange avec des pelouses sèches siliceuses à annuelles ou des pelouses sèches à Fétuque ovine plus ou moins riches en petits trèfles à affinité méditerranéenne.
Végétations sur grès
Le sommet des buttons ou autres affleurement de grès abritent des végétations pionnière sur à base de lichens, de mousses de plantes de petite taille comme les scléranthes voire, ponctuellement, l'Anémone pulsatille.
Forêts
Le Chêne pédonculé est l'espèce dominante en Brenne. On le trouve parfois en association avec le Chêne sessile et, le plus souvent, avec le Charme. Sur certains secteurs, les plantations de pins (maritimes, sylvestres et laricio) ont remplacé le peuplement feuillu. À noter la présence du Chêne tauzin par endroits.
Les forêts " d'ubac " des vallées de la Creuse et de l'Anglin permettent aux fougères, Scolopendre et Dryoptéris de pousser sur leurs pentes ; ponctuellement, sur les coteaux, se rencontrent des plantes de montagne : Lis martagon, Scille fausse jacinthe, Laîche digitée, Renouée bistorte...